De distilleerderij heeft heel vroeger zelfs Millhaugh geheten. In 1884 besloot James Stuart, destijds ook de vergunninghouder van Macallan, een meelmolen om te bouwen tot distilleerderij. In 1885 vloeide de eerste spirit al uit de stills. In 1887 verkocht James Stuart de distilleerderij alweer aan Gilbey Ltd. die destijds ook al eigenaar waren van Strathmill en in 1904 Knockando kochten. De malt van de Glen Spey distilleerderij werd net als die van Strathmill in die tijd al als single malt verkocht. Na diverse overname's en sluitingen tijdens de beide wereld oorlogen werd de distilleerderij door de laatste eigenaar tussen 1969 en 1970 grondig verbouwd. Het aantal stills werden verdubbeld en ze werden omgebouwd van kolengestookte naar stoomgestookte stills. De moutvloeren verdwenen en werden verbouwd tot warehouse. In het stillhouse van de Glen Spey distilleerderij staan twee wash stills en twee spirit stills, die verwarmd worden met stoom. De gisting geschiedt in acht roetsvrij stalen washbacks. De new spirit wordt zowel afgevuld in bourbon als in refill vaten voor de rijping. Het water dat men voor de bereiding van de whisky gebruikt komt uit de Doonie Spring, deze waterbron ontspringt in de nabijgelegen heuvels. Het koelwater haalt men uit de Doonie Burn, deze beek is ontstaan door de natuurlijke overloop van de Doonie Spring. De totale productie van de Glen Spey distilleerderij gaat naar de blenders (J & B. Rare en voor de Spey Royal). Soms wordt er door een independent bottler een fust gebotteld.