Uit gevonden archieven blijkt dat de geschiedenis van de distilleerderij tot 1829 teruggaat. Een zekere William Paul begon op deze plek whisky te distilleren. De distilleerderij noemde hij Kilnflat en was eigenaar tot 1871, waarna de distilleerderij in 1878 stopte met produceren. De distilleerderij werd door Charles Hay overgenomen, die veranderde de naam in Glenburgie. Drie jaar later werd de distilleerderij weer overgenomen door Alexander Fraser die in 1925 door de algehele crisis in de whiskyindustrie failliet ging. In 1936 werd Hiram Walker (Allied Distillers) de nieuwe eigenaar van Glenburgie, de distilleerderij werd direct volledig gerenoveerd en verbouwd, waarna de capaciteit in 1958 werd verdubbeld. Ook verwijderde men in 1958 de moutvloeren en er werden washbacks en twee Lomond stills bijgebouwd. De malt die in deze Lomond stills werd gestookt bracht men onder de naam Clencraig op de markt. Dit was de achternaam van de toenmalige directeur van Ballantines. De Lomond stills werden weer in 1981 door gewone pott stills vervangen. In het stillhouse van de Glenburgie distilleerderij staan nu twee washstills en twee spirit stills, die alle met stoom verhit worden. Er staan dertien washbacks, daar zijn er zes van Schots eiken gemaakt en zeven van roestvrij staal. De new spirit rijpt op refill en hoofdzakelijk op bourbon vaten. Het water dat voor de bereiding van de malt gebruikt wordt haalt men uit verschillende bronnen op de Burgie Hill, die zuidelijk van de distilleerderij ligt. Het koelwater laat men circuleren en wordt daarna in een kunstmatig meertje bij de distilleerderij afgekoeld. De single malt van Glenburgie wordt niet als distillery bottling op de markt gebracht.