De distilleerderij is gebouwd omstreeks 1824 en er is weinig bekend omtrent de eerste eigenaren. In de jaren ’90 is Miltonduff verkocht aan William Stuart, die ook toen mede-eigenaar van Highland Park was. In 1951 werd de distilleerderij door nieuwe eigenaren weer verbouwd en in 1964 werden er 2 Loch Lomond still naast de gewone stills geplaatst. Mosstowie werd de whisky genoemd (naar de plaats Mosstowie) die gestookt werden in de Lomond stills. Tussen 1974 en 1975 werd de distilleerderij weer verbouwd en kwamen er nog 2 stills bij. Ook het mash house werd volledig verbouwd. De productie kwam nu op zo’n 2,3 miljoen liter per jaar. De LochLomond stills werden vervangen in 1981 door de gangbare stills en de capaciteit kwam toen op 5 miljoen liters. Wat een bijzonder hoog is voor een maltdistilleerderij in Schotland. In het stillhouse van de Miltonduff distilleerderij staan drie wash stills en drie spirit stills De spirit stills worden verhit met stoom. De drie wash stills worden extern verhit, d.w.z. dat de wash in deze stills circuleert en buiten de stills verwarmt wordt door een warmtewisselaar, die verhit wordt door het warme water van de condensors. Er zijn 18 roestvrij stalen wash backs, die geheel afgesloten zijn, waardoor het koolzuur dat vrijkomt tijdens de gisting, op een veilige manier kan worden afgevoerd. De rijping van de new spirit vindt plaats op bourbonvaten. Het water voor de distillatie komt uit lokale bronnen. Het koelwater voor de condensors komt uit het riviertje de Black Burn, die langs de distilleerderij stroomt. Slechts een heel klein gedeelte van de productie wordt als single malt door independent bottlers op de markt gebracht.